Bonjour,

Nous rencontrons quelques difficultés à choisir le groupe d'étude et le groupe extérieur. En effet, dans le rapport taxonomique nous observons des Archées (0.0), Eucaryotes (2e-57) et Bactéries (5e-84). Les e-values de ces trois règnes sont en dessous de notre seuil fixé à 1e-10.          Nous voulions donc nous concentrer sur les Archées qui présentes les meilleures e-values. Or, au sein des Archées nous avons des Crenarchaeota (0.0), les Thaumarchaeota (e-160) et des Euryarchaeota (e-69). Deux groupes se détachent : les Crenarchaeota et les Thaumarchaeota dont les e-values sont de 0.0 ou e-160. Selon le document fourni dans les règles du jeu dans la rubrique rapport taxonomique les Thaumarchaeota devraient être choisi en groupe extérieur et les Crenarchaeota en groupe d'étude ce qui nous est impossible puisque les e-values sont équivalentes. Il faudrait donc remonter d'un cran et choisir les Archées comme groupe d'étude de manière à avoir un groupe d'étude monophylétique et dans ce cas prendre les Bactéries ou les Eucaryotes comme groupe extérieur ? Est-ce possible ?

Bonjour,

Votre analyse tombe pile sur un sujet passionant (l'origine des trois domaines de la vie, rien de moins!) mais - comme beaucoup de questions à la pointe de la recherche - un sujet largement en débat à l'heure actuelle. En effet, dans l'arbre de référence de la FAQ ne sont pas indiqués les fameuses Thaumarchaeota car ces dernières ont été découvertes récemment et leur place dans l'arbre de la vie est encore incertain. Pour constater comment l'inclusion de ces Thaumarchaeota affectent les phylogénies, vous pouvez jeter un oeil ici:
http://sitn.hms.harvard.edu/flash/2014/origins-of-eukaryotes-who-are-our-closest-relatives/
http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/early/2012/10/18/rspb.2012.1795.full
Vous constaterez notamment avec l'arbre b) de la figure 2 du premier lien que certaines hypothèses récentes placent l'origine des Eukaryotes au sein des Archaea, entre les Crenarchaeota et les Euryarchaeota... Si ces hypothèses sont exactes, alors cela affecte directement votre choix de groupe d'étude et extérieur! En effet, si l'arbre de référence est le b) ci-dessus, alors vous pourriez parfaitement choisir comme groupe d'étude les Crenarchaeota, les Thaumarchaeota et les Eukaryotes, avec comme groupe extérieur les Euryarchaeota! Si l'arbre de référence en en réalité le a) c'est à dire l'arbre classique "3 domaines de la vie", alors votre groupe d'étude pourrait être les Archaea (Crenarchaeota, les Euryarchaeota & Thaumarchaeota) et le groupe extérieur les Eukaryotes.

Mais vous entrez alors dans un débat passionnant, certes, mais complexe car il s'agit alors de résoudre des évènements évolutifs très anciens ce qui est un exercice périlleux (même si l'alerte "HGT endosymbiotiques" du type bactéries / eukaryotes présente moins de danger dans le cas présent entre Archaea et Eukaryotes).

Il est peut-être plus sage en effet de se concentrer sur le seul domaine des Archaea. Si l'on s'en tient à la phylogénie de référence du NCBI représentée par le Tax Report (plutôt que de considérer les hypothèses plus récentes ci-dessus), alors naissent sous le noeud des Archaea trois phylums soeurs: les Crenarchaeota, les Euryarchaeota & les Thaumarchaeota (une multifurcation un peu similaire à celle dans la FAQ à l'origine des différents phylums bactériens). Dans ce contexte, vous pouvez prendre un des phylums comme groupe d'étude et les deux autres comme groupe extérieur, ou alors les trois phylums comme groupe d'étude et alors il faut remonter avant les Archaea pour trouver un groupe extérieur (par ex les Eukaryotes). vu l'écart de qualité d'alignement pour votre ORF entre les Crenarchaeota (score 563) et les Thaumarchaeota (score 477), je pense qu'il est légitime de tenter une inférence phylogénétique avec comme groupe d'étude les Crenarchaeota et comme groupe extérieur les autres Archaea (Thaumarchaeota & Euryarchaeota)? Je cite ici les score plutôt que les E-value, car ces scores sont si élevés que le E-value des Crenarchaeota est arrondi à zéro, ce qui rend impossible les comparaisons avec le E-value des Thaumarchaeota (2e-164).