Bonjour,
Nous avons tout d'abord eu des difficultés à choisir nos groupes car nous avions des eucaryotes et des procaryotes. De plus au sein des procaryotes nous avons une grande majorité de proteobacterias et d'autres groupes. Nous avons finalement choisit comme groupe d'étude les gammaprotéobacteries et en extérieur les betaproteobacteries car c'est ce qui nous paraissait le plus cohérent compte tenu des résultats obtenus. Par la suite nous avons réalisé un arbre afin de vérifier le choix de nos groupes sauf que le résultat ne nous paraît pas convaincant. En effet, après avoir réenraciner notre arbre à plusieurs reprise, nous ne sommes toujours pas satisfaite de ce que l'on obtient. Nous nous demandons donc si nous ne somme pas trompé lors du choix des groupes ou si c'est juste qu'on a pas su enraciner l'arbre correctement?

Il manque l'alignement multiple, mais supposons qu'il soutienne l'hypothèse que toutes vos séquences sont homologues et qu'il présente suffisamment de positions conservées pour l'inférence phylogénétique...

Votre arbre en soi semble cohérent avec la phylogénie de référence: le groupe d'étude (gammapro) est sur une branche bien spécifique et le groupe extérieur (bétapro) est sur une branche plus profonde (plus ancienne) de l'arbre donc vous avez adéquatement raciné l'arbre. Il est exact que le lieu précis de la racine pourrait être très légèrement déplacé afin d'être situé entre le dernier ancêtre commun des gamma et le dernier ancêtre commun des béta, alors que dans l'arbre actuel la racine place les gamma comme une branche interne des béta. Mais il est clair que l'outil d'enracinement actuel n'est pas aussi souple que celui qui était associé à Phylogeny.fr... De plus, si le rôle du groupe extérieur est simplement d'enraciner votre groupe d'étude, alors ce rôle est pleinement rempli dans l'arbre actuel. Si vous vouliez étudier la séparation des gamma et béta, ces deux groupes serait votre groupe d'étude qu'il faudrait raciner avec un groupe extérieur plus ancien (par ex alpha, epsilon & delta)!