Bonsoir,
   Le taxreport nous montre des séquences avec des E-values très proches de l'ordre de 1e-65 pour des gammaprotéobactéries à 1e-62 pour des firmicutes. On décide donc de prendre dans l'analyse toutes les bactéries. On obtient cet arbre http://phylogeny.lirmm.fr/phylo_cgi/alacarte.cgi?workflow_id=a66c41146b787a6b4c44890109f16a18&tab_index=6&go_next=1 qui nous montre que l'ORF ferait parti des fusobacteriales. Cependant, après de nombreux arbres effectués, en prenant plusieurs groupes d'études différents (des protéobactéries en général car on obtenait de nombreux hits), notre ORF s'intègre dans l'arbre au niveau des Deltaprotéobactérie http://phylogeny.lirmm.fr/phylo_cgi/alacarte.cgi?workflow_id=a66c41146b787a6b0e5ac9018672f71c&tab_index=4&go_next=1 . Le point commun entre ces arbres est que on obtenait toujours des noeuds avec de faible probabilité, des branches à 0, 0.3 ... Donc au final, on ne sait pas dans quel groupe est notre ORF. Le gène en question code pour les sous-unités du protéasome, surement bien conservé au cours de l'évolution. Les alignements multiples de tous les arbres faits sont de bonnes qualités avec toujours les mêmes zones conservées. Merci d'avance.

Au vu des E-values comparables en tre différents phylums bactériens, il est clair que le groupe d'étude devient l'ensemble des bactéries (il n'est pas possible ici de choisir un groupe plus limité comme les protéobact de votre 2ème arbre!). Le problème est alors le choix du groupe extérieur, vous n'abordez pas le sujet?

ensuite sur ce premier arbre avec toutes les bactéries, votre ORF n'émerge pas du clade des fusobactéries! L'ancètre commun de toutes les fuso est au noeud avec un support de 0.846, or votre ORF se sépare selon cet arbre *avant*, au niveau du noeud avec le support de 0.847... C'est un soucis quand votre ORF branche entre les clades connus: ou vous n'avez pas correctement représenté la diversité des clades connus, ou vous êtes tombé sur une protéine venant d'un organisme de taxonomie très éloignée de tout ce qui est actuellement connu dans les banques de références actuelles.

Mais le fait que votre arbre ne soit pas raciné pose un sérieux problème d'interprétation, car en fonction d'où se situe la racine, il se lira différemment!