Bonjour,

J'ai un petit soucis dans le choix de mon groupe extérieur. En effet, mon groupe d'étude est celui des alpha proteobacteries, donc selon l'arbre de la vie, le groupe extérieur devrait être les gamma+béta proteobacteries. Or, dans mon rapport taxonomique je ne dispose pas de béta proteobactéries mais seulement de gamma proteobacteries, MAIS je dispose aussi de delta proteobactéries.
Serait-il donc plus judicieux de prendre toutes les autres proteobacteries (hormis les alpha) comme groupe extérieur ou bien dois-je me limiter aux gamma proteobacteries de mon rapport taxonomique, car j'ai l'impression que ce dernier cas serait un peu restrictif ...

Merci.

Hello,
je ne suis pas le professeur mais je pense que tu devrais prendre les alpha en groupe d'étude et tous les autres protéo en groupes externes puisque tu retrouves des delta...
aprés il faut voir avec le professeur pour savoir ce qu'il en pense!

C'est bien ce que je pensais. Merci Marvin ! Et puis je n'avais pas fais attention mais c'était écrit dans la F.A.C :)

Bonjour,
Tout d'abord bravo à MarvinOstagh, ce forum est aussi un forum d'entre aide entre étudiants:)
Pour ce qui est du groupe extérieur à choisir quand le groupe d'étude sont les alphaprotéobactéries: la règle de "l'ensemble des lignées de même niveau  taxonomique" (cf FAQ) indique à partir de l'arbre de la vie qu'un groupe extérieur pourrait être les béta+gammaprotéobactéries. Si vous n'avez pas d'homologues chez les béta, ce groupe extérieur se réduit aux seules gammaprotéobactéries. Il est exact que dans le PDF de la FAQ page 2 sous "Exemple N°2" il est indiqué que dans le cas présent, le groupe extérieur peut aussi inclure les plus distantes epsilon et deltaprotéobactéries. Si ce choix est acceptable (il fait néanmoins courir le risque d'inclure des homologues trop distants diminuant la fiabilité de l'alignement multiple), il serait surtout adapté si le groupe d'étude était les "alpha+béta+gamma" avec groupe extérieur "delta+epsilon".

Ceci étant dit, en regardant votre tableau de synthèse du rapport taxonomique, je constate que le E-value min avec les alphaprotéo est de 0 (zéro est impossible, c'est juste qu'au delà d'environ 1e-180 l'ordinateur arrondi à zéro) alors que le E-value min avec les gammaprotéo est de 5e-173 et de 1e-169 avec les deltaprotéo. Comme on ne sait pas exactement la valeur de E-value arrondie à zéro (mais pourrait être proche de 1e-180), il me semble que le différentiel de E-value entre alpha, gamma et deltaprotéo n'est pas vraiment significatif, et donc que le groupe d'étude devrait plutôt être les gamma+alpha+delta donc toutes les protéobactéries pour être une lignée monophylétique? Le groupe extérieur serait dans ce cas ... toutes les autres bactéries (dont le meilleur hit est à 8e-159, soit plus de 10 logs de différence avec les meilleurs hits protébactériens)?
PH