Bonjour,
Comme j'avais des soucis pour générer les rapports taxonomiques, j'ai fais 3 blastp limités respectivement aux bactéries, eucaryotes et archées, puis j'ai généré 3 rapports taxonomiques différents. J'ai un petit souci pour trouver mes groupes en me basant sur les gammes d'e-value. En effet dans mes 1000 bactéries, les e-value s'echelonnent de e-56 à e-43 (score de 181 à 149), sans "saut" significatif entre les catégories. Chez les eucaryotes, Les scores sont globalement plus bas mais certains individus se démarquent avec des e-value pouvant aller jusqu'à e-56 également. Enfin chez les archées, les e-value sont entre e-30 et 8.7, ce qui correspond à des scores entre 112 et 29.
Je pense que mes eucaryotes avec des hauts scores correspondent à des mitochondries ou des chloroblastes, mais je ne suis pas sure de la méthode pour le confirmer. De plus, même si ce sont des mitochondries, je ne pense pas pouvoir choisir les alpha-proteobactéries comme groupe d'étude car les scores de beta ou gamma-proteobactéries peuvent être tout aussi élevés ...
Si quelqu'un peut m'éclaircir les idées, votre aide est la bienvenue !

Bonsoir,

Par rapport à vos questions concernant:

1- les séquences eucaryotes: il n'y a pas de test pour confirmer où non l'origine mitochondirale ou chloroplastique possible de vos séquences. Il faut que vous fassiez des recherches à propos des séquences que vous détectés par votre approche. Néanmoins la présence d'homologues eucaryotes chez des organismes non photosynthétiques (métazoaires, fungi, etc) exclus la possibilité que les homologues eucaryotes détectés soient chloroplastiques.

2 - les séquences bactériennes, si sur la base des résultats du blast et du taxonomy report vous ne pouvez pas discriminer les séquences d'alpha, de beta et de gamma protéobactéries, c'est certainement qu'elles ne peuvent pas l'être. Donc si vous vouliez inclure les gamma dans votre groupe d'étude, vous devez également intégrer les beta et les alpha. Charge à vous de définir ensuite le groupe extérieur qui convient en vous basant sur le document d'aide à la phylogénie mis en ligne.

Si sur la base du blast à 1000 séquences ciblant les bactéries vous ne récupérez que des gamma, beta, et alphaprotéobacteries, alors il faut relancer un blast en excluant et ces groupes taxonomiques et voir si vous trouvez des homologues dans d'autres taxons bactériens.

Bonne continuation

Céline Brochier