J'ai realise 3 arbres différents:
-le premier avec les archae comme groupe externe; mon orf se place ds ce groupe externe.
-le second est non raciné avec uniquement des bactéries; mon orf ce place proche des high G+C Gram+
-le troisieme avec les protéo comme groupe exterieur; mon orf se place toujours proche des high G+C gram+, avec une branche assez longue.
Est ce que je peux conserver cet arbre pour mon analyse taxonomique ou n'est-il pas assez représentatif étant donnant que mon blast me donne bcp d'organismes différents ?

ALERTE! Vous avez inclu une séquence encore plus partielle que la votre dans l'alignement multiple (Nostoc)...

Comme seules les positions où toutes les séquences ont un AA sont utilisées pour inférer l'arbre, cette séquence partielle gâche une grande partie de l'alignement potentiellement utile.

On ne pourra discuter des arbres que reconstruits sur un aln corrigé. De plus vous avez été un peu "économe" en séquences au vu du choix que vous avez! Enfin l'arbre est ininterprétable tant qu'il n'est pas "décoré" avec les noms de groupes taxonomiques...

Si votre cheminement logique est celui que vous avez indiqué, comment justifiez-vous avoir fait un arbre non raciné avec que des bactéries, alors que le premier arbre que vous avez obtenu place votre ORF avec les Archaea?
Si vous supprimez les bactéries et que votre ORF est d'orgine archaea, alors vous allez forcer une parenté entre séquence bactérienne et votre ORF, ce qui est très grave d'un point de vue raisonnement.
Si votre ORF sort initialement avec les archaea, alors vous devez redéfinir le groupe extérieur comme bactérien et le groupe d'étude comme archaea.

Céline Brochier