bonjour,
J'ai effectué un blast nr de mon orf et j'obtiens de tres nombreuses homologues avec de tres hauts scores,
j'en suis deja aux 1000 premieres sequences et les scores sont vers 200. Comment choisir mon groupe exterieur ?
Comment savoir quels homologues sont les plus eloigné avec de si hauts scores ? Doit-je faire un arbre non raciné?
merci

Vous êtes en présence d'une très très très très vielle enzyme, son origine remonte à la nuit des temps et à la base du métabolisme, on la trouve dans tout le vivant! J'ai réessayé un BLAST contre NR en demandant les 5000 meilleurs hits et ça fait planter le NCBI... On se demande pourquoi cette option 5000 est proposée (il y a même 10000)...

Le BLASt vs SWISSPROT va être d'un grand secours: les hits dans cette petite base de données sont en nombre raisonnable et cette enzyme étant fort étudiée depuis longtemps, des fiches SP existent pour bcp de groupes taxonomiques, y compris microbiens. En plus de son rôle habituel de source d'infos *fonctionnelles*, ce BLASTp vs SP va donc aussi vous aider pour l'étude phylogénétique en fournissant éventuellement des homologues ayant divergés depuis plus longtemps:

-pour des raisons évidentes les eucaryotes NE SONT PAS un choix légitime pour le groupe extérieur
-peut-être un arbre non-raciné avec les divers groupes bactériens, et si l'ORF se niche très clairement dans un groupe bactérien (ex protéobactéries), alors l'arbre pourra être enraciné sur les autres groupes bactériens?
-sinon utilisation des archae comme groupe extérieur? Tout dépend de la qualité de l'aln multiple obtenu en incluant des séquences d'archae, en vérifiant bien que celles-ci ne sont quand même pas des homologues trop divergentes (branche trop longue)?