Bonjour, lorsque je fais la curation de l'alignement multiple, en cochant différents paramètres ( les deux premiers) j'obtient 98 positions sur un total de 1338 positions, soit 7%. Est ce suffisant car si je change certaines séquence je pense que ce sera j'aurai moins de positions. merci

Vous dites que vous avez cochés les deux premiers paramètres. Lesquels ? les deux premiers que l'on vous indique dans la FAQ ou les deux premiers sur phylogénie.fr ?
Regardez bien la FAQ, on vous dit que si vous voulez obtenir plus de positions conservées, il faut cocher le premier et le troisième paramètre. Il ne faut surtout pas cocher le second, qui permet de garder des positions dans lesquelles on trouve des gaps ; donc notamment des positions auxquelles votre séquence n'est pas présente (si elle est plus courte en 5' ou en 3').

Raphaël

c'est les deux paramètres de phylogeny.fr. Avec le premier et troisième paramètres je n'ai qu'une soixante de positions, donc je ne sais pas vraiment si c'est suffisant

J'ai enlevé quatre séquences du groupe externe (j'en garde 5)ayant les e-values les plus élevées. j'ai obtenue que 38 positions conservées et en modifiant les paramètres j'obtient 64 positions donc je vais garder l'alignement tel qu'il est.