Bonjour,

Voici ma séquence: GOS_3074010.35.

Je dispose d'un groupe d'étude comprenant l'ensemble du vivant. Les score étant peu élevés, j'ai du me restreindre dans le choix de mes homologues et notamment pour représenter au mieux l'ensemble du vivant.

L'alignement Gblock me donne 52 positions conservées malgré l'utilisation des paramètres stringents. De ce fait, j'ai continué l'analyse en inférant des arbres phylogénétiques et en précisant qu'ils ne seront pas fiables.

Les arbres non racinés obtenus ne sont pas congruents du tout, la taxonomie de référence n'est pas respectée, tous les organismes sont mélangés dans les embranchements et d'autant plus dans l'arbre PhyML.

Cependant dans les deux cas, on retrouve un sous groupe formé essentiellement de g-protéobactéries et de bacteria, possédant l'organisme portant la protéine putative codée par notre ORF qui se retrouve embranché à une bactérie CFB (la seule répertoriée dans le sous groupe) alors que les meilleurs scores obtenus par Blast étaient chez des g-protéobactéries.

Dois-je conclure à un transfert horizontal de gène des g-protéo vers la bactérie CFB? est-ce que cet organisme CFB serait l'organisme le plus proche de l'organisme portant notre protéine putative? ou du fait que les arbres sont pas fiables on ne peut pas conclure du tout.

Je suis un peu perdue sur cette analyse.

Merci pour votre réponse.

S'il vous plait?

Bonsoir,

- Apparemment votre taxo report ds les resultats bruts n'est pas complet, car je ne vois pas : bactéria vont de 60 à 37; verrumicrobia vont de 59 à 53; CFB group bacteria vont de 50 à 35; des autres bactéries (planctomyces, firmicutes, high GC GRAM + ) vont de 41 à 35;
==> ???
- ds la liste des seq selectionnees, mettez aussi le score de chaque seq, en plus de l'e-value.

- Je dispose d'un groupe d'étude comprenant l'ensemble du vivant.
==> Vous etes sur ? dans ce cas vous n'avez pas decrit : eucaryotes et archaea
- pour représenter au mieux l'ensemble du vivant.
==> normalement chaque sous groupe taxo doit etre represente de maniere equivalente, cad meme nb de seq : j'observe une surrepresentation des seq g-proteo-, pourquoi ?

- Dois-je conclure à un transfert horizontal de gène des g-protéo vers la bactérie CFB?
==> c'est une hypothèse, oui, à évoquer.
- est-ce que cet organisme CFB serait l'organisme le plus proche de l'organisme portant notre protéine putative?
==> selon ces arbres, oui.
- ou du fait que les arbres sont pas fiables on ne peut pas conclure du tout.
==> c'est effectivement la 2eme hypothèse, oui.
==> "alors que les meilleurs scores obtenus par Blast étaient chez des g-protéobactéries."
et ceci est a dire aussi, ce qui remet en cause la position de la CFB...

==> Il faut évoquer les ≠ possibilités, mais effectivement Vous ne pouvez pas conclure de maniere sure et definitive. C'est juste.

Bénédicte Wirth

==> Il faut évoquer les differentes possibilités, mais effectivement Vous ne pouvez pas conclure de maniere sure et definitive. C'est juste.

Bonjour,

En refaisant le Lineage report, je me suis rendue compte que je m'étais trompée dans mon message sur le forum. Mon groupe d'étude est l'ensemble des bactéries et donc le groupe externe constitué des eucaryotes et des archae.

Or j'ai obtenu aucun hit concernant les eucaryotes et les archae, c'est pourquoi j'ai considéré que je n'avais pas de groupe externe (il me semble qu'on en avait discuté en cours et que vous aviez dit que c'était ce qu'il fallait faire) et que les arbres inférés ne sont pas racinés.

Après pour la surreprésentation des g-protéo, j'ai obtenu peu d'organismes qui dépassait le seuil que j'ai choisi dans Blast. J'ai donc récupéré ce que je pouvais (10 organismes)

Merci pour votre réponse.