amel
24 Mar 2012 15:40
Non evaluated contribution |
Bonjour, je pense que ma séquence GOS_3081020.11 est non codante mais j\'en suis pas sure.
Je pense avoir choisi le bon ORF [299-326] sur le brin indirect dans le 2ème cadre de lecture en any codon soit 686 nucléotides (l\'autre aussi long est en position [326-985] dans le 2ème cadre de lecture en codons alternarifs, donc c\'est le meme :659 nucléotides) mais lorsque je fais le blastp contre NR, je ne trouve que 5 homologues et pas très bon puisque les e-value vont de 1,2 à 9,8 pour des scores de 38,1 à 35,8.
Ma séquence est-elle codante ( meme si absence de domaines protéiques conservés)?
Je pense faire un blastN .
Qu\'en pensez-vous ? merci
amel
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amel
24 Mar 2012 16:10
Non evaluated contribution |
le blast contre les séquences environnementales donnent comme résultat 3 séquences trouvées :des protéines hypothétiques avec d'aussi mauvais scores e-value et le Tblast-N , 2 séquences trouvés avec les mêmes caractéristiques (mauvaise e-value et scores) . Que dois-je en conclure ???
amel |