Bonjour,

Pour notre première séquence, nous n'avons obtenu qu'un seul domaine protéique non identifié avec Pfam, ensuite avec la recherche d'homologues sur blastP contre la base de données env_nr nous obtenons peu d'homologues (26) qui sont peu significatifs (E-value assez élevées). Néanmoins, sur les alignements il y a une signature qui est mise en évidence dans la majorité des séquences. Le rapport taxonomique ne nous donne presque pas d'information car il indique que la séquence provient de la "marine métagénome". Nous ne pouvons donc pas faire d'analyse phylogénétique mais nous aimerions savoir s'il serait possible d'exploiter les données précédentes, à savoir la signature mise en évidence, afin de pouvoir quand même caractériser notre séquence, et si oui comment ?

Merci d'avance pour votre aide.

Equipe az-com

Bonjour,

Si vous identifiez plus de 4 homologues dans les banques de séquences alors vous devez reconstruire un arbre phylogénétique. Si vous n'avez que des séquences provenant de la banque de donnée environnementale, l'analyse phylogénétique ne vous permettra pas de trouver un origine taxonomique, mais vous pourrez avoir une estimation de la distance évolutive qui sépare votre séquences des homologues existant et éventuellement obtenir des information sur les habitats occupés par les organismes qui présentent des homologues de votre séquence d'intérêt en regardant les origines des séquences provenant de la banque environnementale (cad les lieux de prélèvement).

Bonne continuation

Céline Brochier