Bonjour,

A partir du taxonomy report, nous avons choisi comme groupe d'étude les alpha-protéobactéries et comme groupes extérieurs les autres protéobactéries. Mais nous n'obtenons que 5 séquences dans le groupes d'étude qui soient des homolgues (score supérieur à 44) à notre séquence et 8 séquences dans les groupes extérieurs.
Pouvons nous réaliser l'alignement multiple avec un aussi petit nombre de séquences ?
Si ce n'est pas le cas, pouvons nous choisir comme groupe d'étude les protéobactéries et comme groupe extérieurs les autres bactéries ?

Merci d'avance,
Team Omb_Cla

Bonjour,

Le nombre minimal de séquences requis pour réaliser une analyse phylogénétique est de 4.

Par contre si vous ne récupérez qu'un petit nombre d'homologues dans des groupes taxonomiques qui sont pourtant bien représentés dans les bases de données de génomes complets (c'est le cas en particulier des protéobactéries, nous en avons parlé en cours), vous devez essayer d'expliquer pourquoi la protéine étudiée n'est pas largement distribuée dans le groupe taxonomique.

Bonne continuation

Céline Brochier