Bonjour,

ayant determiné le groupe d\'etude et le goupe de reference, est-ce qu\'on pourrait pas lancer un nouveau recherche BLAST et limitant les especes étudiés a ces groupes la?
(dans mon cas, inclure seulement les b- et g-proteobacteries).

Evidemment comme le nombre de sequences etudiés diminue, e-values de la sortie vont etre diffrerentes, mais les scores sont toujours les memes. Alors en regardant que les scores superieurs a la limite d\'homologie defini precedemment, on aura une liste des sequences homologues qui appartiennent au bon groupe. Ceci evitera verification a la main d\'appartenance des especes dans les groupes.

Merci d\'avance,

Ardi Tampuu

Bonjour,

une fois que le groupe d'étude et que le groupe extérieur ont été déterminés il n'est pas nécessaire de relancer un blast, car vous avez normalement déjà récupéré tous les homologues présent dans la banque de données pour ces séquences. Relancer un blast ne vous apporterait rien de plus,car vous allez récupérer les mêmes séquences.

Par rapport aux vérifications manuelles, vous devrez dans tous les cas vous appuyer sur le taxonomy report pour vérifier que vous échantillonnez bien les homologues du groupe d'étude et du groupe extérieur, avant de récupérer les séquences correspondantes via la sortie du blast. Vous ne gagnerez donc pas de temps en refaisant le blast.

Bonne continuation,

Céline Brochier