Bonjour,

Nous sommes face à un drôle de cas, dans notre recherche d’homologues on retrouve dans les meilleurs hits une correspondance avec une archée et compte tenu que les alignements sont meilleurs et que l'on retrouve un domaine protéique commun avec notre séquence à découvrir nous pensons que notre fragment provient bien d'une archée. Pour la recherche phylogénétique, nous n'avons pas de groupe extérieur...

Doit-on alors plutôt attribuer notre fragment aux bactéries ?

Team Anaïs

Bonjour,

Je viens de prendre connaissance de votre message.
En ce qui concerne le taxonomy report, il faudrait que vous copiez/collez la partie supérieure du taxonomy report et non la partie inférieure (qui correspond à ce que vous avez indiqué).

Malgré tout en regardant les dix premiers alignements deux à deux issus du blast contre nr, vous avez effectivement une distribution taxonomique bizarre, avec un mélange d'archées et de gammaproteobacteria. Ce mélange des séquences de gammaproteobactéries et d'archées pose effectivement problème pour la définition du groupe d'étude et du groupe extérieur car il s'agit de séquences appartenant à deux groupes taxonomiques très distants.

Pour définir votre groupe d'étude et votre groupe extérieur (si c'est possible), il faut que vous déterminiez si votre rapport taxonomique correspond à quelques séquences d'archées d'origine bactérienne (ce qui peut arriver si quelques archées ont acquis par transfert de gènes des séquences à partir de bactéries), ou inversement si il s'agit de quelques bactéries qui ont acquis par transfert de gènes des séquences d'origines archées.

Pour pouvoir répondre à cette question il faut regarder la partie supérieure du taxonomy report (cf mon commentaire initial).

Dans le premier cas votre groupe d'étude sera bactérien (même si il inclut quelques séquences d'archées d'origine bactérienne), dans le second cas le groupe d'étude sera archées (même si il inclut quelque séquences d'origine bactérienne).

Pour le choix du groupe extérieur, il faudra voir si vous pouvez définir un groupe d'étude précis au sein des bactéries ou au sein des archées (selon que vous êtes dans le cas un ou deux).

Cependant il est aussi possible que vous ayez à faire à un gène qui se transfert beaucoup et dans ce cas là il ne sera pas possible de faire pencher la balance vers l'une ou l'autre des deux hypothèses mentionnées ci-dessous.

En espérant avoir pu faire avancer un peu votre réflexion.

Céline Brochier