amel-faiza
5 Mar 2012 18:55
Non evaluated contribution |
GOS_2889020.32
bonjour
j'ai obtenu avec blast des chevauchements avec tous les groupes bacteriens avec les scores suivants:
a-proteobacteria score 224 -34,mais y'a un saut de score et d'e-value au seine de ce groupe de (score)110 à 51 et(evalue)de -27 à -06
g-proteobacteria deux espèces ont des scores :136 et 132 et les autres inferieur à 50
et les autres ont un score inferieurs à 50 . si je prends en considération que ces chevauchements y'aura pas de groupes exterieur , donc j'ai choisi le groupe d'étude ;a-proteobacteria et g_proteobacteria (homoloques avec un score superieur à 110 et evalue inferieur à -27) et groupe exterieur :les autres proteobacteria + autres bacteries , est ce le bon choix ou pas ?
merci d'avance |
R_Bourgeas_12
6 Mar 2012 19:36
Game master |
Bonjour,
Les saut de scores à l'intérieur des différents groupes taxonomiques ne sont pas à prendre en compte lors de la recherche des groupes d'étude et extérieurs.
De ce fait, vous avez :
a-proteobacteria : 222-34
g-proteobacteria : 136-??
Le recouvrement des g-proteobacteria sur les a-proteobacteria est ici suffisamment important pour être pris en compte.
Donc, votre groupe d'étude est le phylum a-proteobacteria + g-proteobacteria.
Votre groupe extérieur dépend directement du choix de votre groupe d'étude (vous reporter au guide de sélection des groupes d'étude et extérieur sur la FAQ).
Cordialement,
Raphaël Bourgeas |