Questions au sujet de l'alignement multiple :
comment fait on pour commenter les régions  conservées et divergentes gràce aux  :, *,-, si on ne sait pas comment numéroter la séquence c'est à dire  du premier acide aminé au dernier.
Qui plus est je ne sais pas comment fait on pour savoir combien il manque d'AA a notre ORF?

Merci de vos réponses.

Pour ce qui est du problème de repérage dans votre séquence, il suffit de compter en commençant au premier acide aminé de votre séquence.
Vous pouvez vous aider du format fourni par clustalw. Il y a X acides aminés par ligne. Avec peu d'efforts vous devriez y arriver.

Pour la deuxième question il faut vous aider de l'alignement multiple. Si votre séquence semble plus courte de Y acides aminés par rapport aux autres homologues, c'est que votre séquence est très probablement plus courte de Y acides aminés.

Cordialement,

Céline Brochier

En effet, les alignements multiples sont présentés en blocs de 60 AA. Mais à moins de vouloir discuter un acide aminé très spécifique, vous pouvez spécifier des coordonnées plus approximatives, par exemple "le premier tiers", ou "les 150 AA C-terminaux" car les régions conservées ou divergentes sont rarement définissables à l'AA près.

Même chose sur le nombre d'AA manquant à votre ORF: à moins de cas très particulier, ce nombre exact n'est pas indispensable (et pas connu tant que la séquence complète n'est pas disponible); il sera au moins aussi parlant de dire par exemple que "les homologues se prolongent généralement de plus de 300 AA en amont du premier AA N-terminal connu de notre ORF incomplet"