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Rapport taxonomique |
imane-hafsoi
28 Feb 2012 23:24
Non evaluated contribution |
GOS_2864020.43
Bonjour,
En fait je voulais choisir le groupe d'étude et le groupe extérieur,
le groupe de g-protéobacterie ont le score le plus élevé (343 à 102, suivis des enterobacteries (177 à 172) ensuite il y a les b,e,d protéobacteries, les bactéries les firmucutes les high GC gram+, les CFB groupe bacteries, les diatoms, les eucaryotes, des ohter séquences où les scores se chevauchent,
( la dernière séquence a un score de 111), donc je sais pas comment je vais choisir les groupe d'étude et le groupe extérieur.
merci de votre aide.
Imane-hafsoi |
VinJenni
29 Feb 2012 8:25
Non evaluated contribution |
Bonjour,
lorsque toutes ces organismes ont des scores qui se chevauchent largement il faut prendre en compte leur contribution dans le groupe d'étude. Ici, vous avez aussi bien des bactéries que des eucaryotes qui se chevauchent, donc votre groupe d'étude doit tous les inclure et vous devez prendre comme groupe d'étude les bactéries et eucaryotes, et comme groupe externe les archaes. Si jamais vous avez aussi des archaes qui chevauchent, vous les prenez aussi et, dans ce cas là, vous ne formez pas de groupe externe : ce sera un arbre déraciné, ayant pour groupe d'étude le monde du vivant. Ensuite, vous aurez alors un second arbre à réaliser d'après l'emplacement de votre séquence d'ADN dans cet arbre.
Bonne journée et courage ! |
R_Bourgeas_12
29 Feb 2012 10:57
Game master |
Bonjour,
Je n'ai pas accès à votre séquence à cause d'un problème technique, et, de ce fait, à votre rapport taxonomique complet. Cependant, au vu des éléments que vous avez fourni je peux vous dire 2 choses :
1) Les entérobactéries SONT des gamma-proteobactéries, donc, si vous prenez les gamma-proteobactéries dans votre groupe d'étude, les entérobactéries en font automatiquement partie.
2) Vous dites que les gamma-proteobactéries ont des scores de 343 à 102, et que le second groupe, les entérobactéries (qui font en fait partie des gamma-proteobactéries), ont leur plus haut score à 177. Ceci implique que tous vos autres homologues (autres protéobactéries, autres bactéries et eucaryotes)ont des scores inférieur à 177. Or le recouvrement est suffisamment faible (177 est déjà très inférieur à 343, alors c'est encore plus important pour les autres groupes) pour que vous pouviez penser que votre séquence fasse partie des gamma-proteobactéries (entérobactéries comprises) et donc prendre les gamma-proteobactéries comme groupe d'étude.
Bonne chance,
Raphaël Bourgeas |
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