Bonsoir,
On a bien entré les séquences en fasta dans phylogénie.fr, mais au niveau de la curation nous ne savons pas quoi faire (comment choisir nous même les séquences a écarter).
Le forum , les règles du jeu, et la faq n'ont pas pu nous aider...
merci d'avance pour le temps occupé à résoudre notre problème

bonsoir
Si vous avez déja fait l'étape d'alignement multiple avec les séquences sélectionnées et vous avez choisi les paramètres nécessaires au départ ,et cliquer sur "stap by stap" ,l'étape de Curation (Gblocs) se fait automatiquement sur les mêmes séquences ,toute modification(enlever des séquences ou ajouter) dépendra des résultats obtenus par l'alignement multiple et par Curation ,ex :si le nbr de positions retenues aprés curation est faible ( ex inferieur à 50) vous devriez modifier les paramètres de Curation (cocher les 3 premiers au lieu de 1 ou2 ), bon courage  

Bonne réponse.
De plus, lors de l'étape de curation, les positions qui contiennent des gaps sont écartées. Donc, si vous avez une séquence beaucoup plus courte que les autres, qui induit beaucoup de gaps dans votre alignement multiple, vous allez perdre beaucoup de positions. Vous devez alors enlever cette séquence de votre groupe d'étude (ou extérieur).

Je viens de regarder votre séquence pour vérifier si de telles séquences s'y trouvait, et je me suis rendu compte que vous ne présentez pas du tout les alignements multiples de la bonne façon : ce n'est pas un alignement que vous avez dans vos résultats bruts, mais des séquences au format fasta ! Vous dites que vous avez regardé la FAQ et les règles du jeu ne vous ont pas aidé, mais ici, vous auriez intérêt à les relire.

Bonne continuation,
Raphaël Bourgeas

Bonjour,

Merci pour vos réponses, nous allons présenter les alignements multiples de la bonne façon.
En réalité, nous avons hésité à présenter les résultats sous forme clustalW (ce que les règles du jeu nous explique de faire) car lors du TD de jeudi, à la fin de l'heure nous avons demandé à Mme Wirth de nous expliquer rapidement ce qu'il fallait faire sur phylogeny et elle nous a dit de présenter les résultats sous format texte, on en a donc conclue qu'il fallait les mettre sous format fasta... Erreur de notre part.

Bonjour,

"les résultats sous format texte, on en a donc conclue qu'il fallait les mettre sous format fasta... Erreur de notre part."
=> Oui, le format "texte" de l'alignement multiple, qui est le format Clustal ;o)
Désolée pour la méprise ;o)

Bonne continuation
Bénédicte