j'ai une difficulté à justifier une valeur seuil du score (Blastp contre nr), la prise en compte de nombreux paramètres:
le pourcentage de recouvrement est très élevé pour toutes les séquences (  80 à 100%  ,parfois 60% mais toujours >60% le pourcentage d'identité  est  tout le temps supérieur à 30% à part quelques exceptions à partir où % d’identité est entre 24% et 27% ,de même les pourcentage de gap sont relativement faible ( 6% max en moyenne) sauf là aussi quelques exceptions visible à partir d'une E-Value 1.9 ( 17% de gap).De plus la quasi totalité des séquences de notre alignement présente la même fonction transporteur ABC (ATP Binding Cassette)et ont une longueur entre 260  et 300 aa rarement 400 aa .sans fractur Peut -on alors se baser sur le E-value pour déterminer le score seuil ? et si le cas quelle est sa valeur sachant que la dernière valeur est 9.3

j'ai une difficulté à justifier une valeur seuil du score (Blastp contre nr), la prise en compte de nombreux paramètres:
le pourcentage de recouvrement est très élevé pour toutes les séquences (  80 à 100%  ,parfois 60% mais toujours >60% le pourcentage d'identité  est  tout le temps supérieur à 30% à part quelques exceptions à partir où % d’identité est entre 24% et 27% ,de même les pourcentage de gap sont relativement faible ( 6% max en moyenne) sauf là aussi quelques exceptions visible à partir d'une E-Value 1.9 ( 17% de gap).De plus la quasi totalité des séquences de notre alignement présente la même fonction transporteur ABC (ATP Binding Cassette)et ont une longueur entre 260  et 300 aa rarement 400 aa .sans fractur Peut -on alors se baser sur le E-value pour déterminer le score seuil ? et si le cas quelle est sa valeur sachant que la dernière valeur est 9.3

merci d'avance
Mati

Bonjour,

En aucun cas il n'y a de evalue (ou de score) seuil arbitraire à laquelle se fier pour déterminer la limite entre séquences homologues et séquences non homologues.
Faites au mieux avec vos observations et faites éventuellement part des difficultés que vous rencontrez.

Céline Brochier

merci pour la réponse.