lakisemedo
22 Apr 2011 14:40
Non evaluated contribution |
Bonjour
Voilà, lorsque je fais l'alignement multiple de ma protéine avec ses homologues, on peut voir qu'elle ne s'aligne qu'avec la deuxième moitié des autres homologues. En effet, les homologues font à peu près 450aa alors que la mienne fait 250aa.
En effet, l'alignement des homologues entre eux est assez convaincant sur toute la longueur des protéines et notre protéine s'intègre bien dans l'alignement bien qu'elle ne s'aligne que dans la seconde moitié.
Au début, on sait dit que notre protéine était plus courte mais lorsqu'on refait l'alignement multiple avec l'orf en entier (sans l'option codon d'initiation), le logiciel détecte un bloc conservé juste avant la méthionine supposé bon codon start...
Est-ce suffisant pour émettre l'hypothèse qu'à la base, le fragment d'adn qu'on a eu à étudier est plus long en Nterm d'où le fait qu'on ait une protéine tronquée en Nterm?
Mais dire cela c'est contredire la définition l'orf.
Merci.
L.Semedo |