Bonsoir à tous,

Suite aux messages récurrents concernant le choix du groupe extérieur et du groupe d'étude, je pense utile de vous rappeler quelques petits points.
Vous n'êtes pas familiarisés avec la taxonomie en général, et encore moins avec celle des groupes que vous étudiez (bactéries, eucaryotes…).
Je vous rappelle que vous avez le droit de consulter des ressources non intégrées à l'annotathon (livres, sites webs…). En particulier, vous avez accès à des ressources informatiques que vous pouvez utiliser pour vous aider à résoudre les problèmes de taxonomie.
Deux sites utiles:

* le taxonomy browser du NCBI. Si vous tapez "bacteria" dedans vous pourrez instantanément visualiser tous les groupes de niveau inférieur (cad les phylums). Même chose si vous voulez voir les sous-groupes constiutant un phylum donné. Par exemple, si vous voulez savoir quels sont les sous-groupes majeurs de protéobacteria, il suffit de taper "proteobacteria" dans le taxnomy browser.

* le tree of life (http://www.tolweb.org/Life_on_Earth/1). Ce centre vous permet de voir sous forme d'arbre phylogénétique les relations de parentés entre les taxons. La navigation est très simple (vous vous baladez dans l'arbre de la vie) et vous trouverez en plus des informations biologiques sur les groupes.
Ex. pour les "bacteria", consultez (http://www.tolweb.org/Eubacteria/2) et vous pourrez voir les phylums bactériens etc, etc…

A l'aide de ces ressources, vous ne devez plus faire d'erreur sur les groupes où piocher les séquences, une fois que votre groupe d'étude est défini.

Céline Brochier