Forum "Recherche d'homologues: BLAST"

Thread subject: pAS d'homologues

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pAS d'homologues
meljess
18 Apr 2011 14:47
Non evaluated contribution
Bonjour
dans votre évaluation vous nous demandez "-Si votre ORF est réellement codant, attendez-vous de trouver des homologues à votre séquence dans les autres cadre de lectures? Comment pouvez-vous vérifier si c'est le cas ?"
notre réponse serait de dire que  chez les procaryotes il est trés peu probable d'obtenir des ORF dans differents cadres de lectures et qu'en plus la consigne dit de choisir l'ORF le plus long. Ainsi on pourrait dire que pour être sur il faudrait refaire l'analyse avec l'ORF le plus long aprés le notre ,mais cela n'est  pas la consigne .
Est-ce la réponse que vous attendiez ?

Merci
Mélanie et jessica
E_Meglecz_11
18 Apr 2011 16:09
Game master
Bonjour,

"chez les procaryotes il est trés peu probable d'obtenir des ORF dans differents cadres de lectures" => C'est une bonne piste
"qu'en plus la consigne dit de choisir l'ORF le plus long" => C'est un critère arbitraire, donc n'est pas un preuve biologique.

Je ne vous demande pas d'analyser un autre ORF, mais une simple test pour voir, si il y a des homologues dans la même région que votre ORF, mais dans un autre cadre de lecture.

Cordialement,

EMese Meglecz