On a vu en TD que lorsque le groupe d'étude comprend des proteobactéries, il faut se méfier des eucaryotes car
les séquences que l'on peut y trouver peuvent être issues des mitochondries qui descendent des proteobacteries
et donc fausser le résultat. Alors comment définir le groupe extérieur? Faut-il utiliser des eucaryotes de type
uniquement végétal?

Merci d'avance

Bonsoir,

Première remarque: si l'utilisation de séquences eucaryotes pose problème lorsqu'on a un groupe d'étude protéobactérie, c'est à cause de la présence de séquences mitochondriales (d'origine alpha-protéobactérienne) chez les eucaryotes.
Pensez-vous vraiment que de prendre des eucaryotes de type plante puisse régler le problème? Est-ce les plantes (et/ou) leurs ancêtres n'ont pas (n'ont pas eu) de mitochondries ?

Au sein des bactéries, il existe des phylums de rang taxonomique équivalent à celui des protéobactéries (sans être des protéobactéries) dans lesquels vous pouvez choisir vos groupes extérieurs. Un groupe extérieur de ce type sera beaucoup plus pertinent qu'un groupe extérieur eucaryote, car rappelez-vous ce qui a été dit en cours. le groupe extérieur doit être certes  extérieur, mais le plus proche possible du groupe d'étude.

Céline Brochier