Les analyses phylogénétiques de jeux de données ne comprenant que des séquences environnementales doivent uniquement être réalisées par la méthode du NJ.

Les arbres obtenus seront donc non racinés, c'est-à-dire non polarisés, ce qui implique que vous ne pourrez pas déduire les relations de parentés entre les séquences.

En revanche, vous pourrez discuter des distances évolutives (i.e. la quantité d'évolution) séparant chacune des séquences.
Rappel: les méthodes de parcimonie donnent des arbres sans longueur de branche alors que les arbres obtenus par des méthodes de distances présentent des branches proportionnelles aux distances évolutives).

Enfin vous pourrez discuter l'abondance des homologues détectés.

Céline Brochier