Bonjour,

lorsque j'ai fait mon blastp contre nr, je n'ai trouvé que très peu de protéines homologues donc j'ai fait un blastp contre env. Cependant, lors de ce blast, je trouve énormément de protéines homologues mais toutes sont des séquences métagénomiques. Je me pose donc plusieurs questions:
-Comment se fait-il que je trouve énormément de séquences ayant de très grandes similitudes avec la mienne(j'en ai beaucoup qui sont à un ou deux acides aminés près totalement identiques à la mienne)?
-Etant donné que toutes ces séquences sont métagénomiques, comment vais-je pouvoir  déterminer mon groupe d'étude et externe pour faire mon analyse phylogénétique?
-Et enfin, que signifie le terme métagénomique?

Merci d'avance pour vos réponses!

Jessica Teycheney

Bonjour,

Je suspecte une erreur de manipulation, car je trouve un seul homologue à votre ORF dans la banque environnementale.

Métagénomique veut dire, que les échantillons viennent de environnement sans savoir quel sont des organismes dedans. Donc c'est normal, que vous ne trouvez pas d'information taxonomique associée aux séquences. Donc, si vous avez uniquement les séquences méta-génomiques, vous ne pouvez pas faire l'analyse taxonomique.

Emese Meglecz