Bonjour,
Est-ce que le groupe d'étude doit représenter tous les organismes dont on a les séquences homologues? Dans ce cas, comment choisir un groupe extérieur pour pouvoir avoir un arbre raciné?
Ou est-ce que le groupe d'étude doit représenter uniquement l'organisme d'où vient l'ORF?
Et dans ce cas, comment savoir l'organisme d'où vient l'ORF? Ma fiche interpro dit que les domaine trouvés dans mon ORF viennent en majorité des bactéries(firmicutes et protéobactéries surtout), mais n'excluent pas les archae, et les métazoaires qui sont des eucaryotes.Je ne sais donc pas comment savoir d'où vient mon ORF.
Je n'arrive pas à le savoir avec le blastp contre nr non plus, car le 1er alignement que j'obtiens ne me présente évidemment pas l'organisme d'où vient mon orf, mais celui d'où vient l'homologue trouvé.
Merci
Renée

Bonjour,

Compte tenu de la complexité des explications que requiert votre question, je vous invite à vous reporter dans un premier temps au poly phylogénie qui vous aide à définir un groupe d'étude et un groupe extérieur au travers de quelques exemples.

Je vous rappelle néanmoins que la définition du groupe d'étude et du groupe extérieur doit se faire en premier lieu en s'appuyant sur le taxonomy report (les informations d'interpro n'étant là que pour alimenter la discussion).

Céline Brochier

Céline Brochier

Bonjour,

Après avoir réalisé le BLAST et observé le taxonomy report je m'aperçois que les séquences homologues à la séquence étudiée appartiennent à des taxons très différents. Les trois séquences possédant les meilleurs scores appartiennent aux virus, les trois suivantes au règne eucaryote et les trois suivantes aux bactéries.
Pour le reste des séquences, je retrouve une majorité de bactéries (protéobactéries, cyanobactéries, entérobactéries ...)Dois-je considérer le groupe des trois premières séquences (les virus) comme groupe d'étude ou faut-il considérer les protéobactéries (groupe qui apparaît le plus souvent) comme groupe d'étude ?

Cordialement,

Clémence

Bonsoir,

Aucune de ces propositions n'est correcte. On ne définit pas un groupe d'étude sur l'abondance absolue des homologues provenant d'un groupe d'homologues car vous pouvez trouver beaucoup de séquences appartenant à un groupe taxonomique donné uniquement parce que ce groupe est bien représenté dans les banques de données.

Bien cordialement,

Céline Brochier

bonjour,

j'ai deux groupe taxonomique GNS bacterie et betaproteobacterie les deux comportant des scores important de 125 a 42 et 117 a 90 respectivement et se chevauche; mais comment trancher entre les deux pour définir le groupe d'études ,pourrait-on les mettre tous les deux dans le groupe d'étude pour ne pas exclure l'un ou l'autre? merci

Bonjour,

Vous êtes dans un cas difficile et effectivement vous ne pouvez pas exclure l'un ou l'autre du groupe d'étude.
Cependant il n'existe pas de groupe taxonomique naturel regroupant les betaproteobacteria et les GNS. Les considérer comme faisant partie du groupe d'étude implique une hypothèse forte que vous devez expliquer et discuter. Cette hypothèse est que considérer ces deux groupes comme faisant partie du groupe d'étude équivaut à faire l'hypothèse que l'ancêtre de ces deux groupes possédait le gène que vous étudiez et qu'il l'a transmis à tous ses descendants, cad les betaproteobacteria et les GNS, mais aussi tous ses autres descendants. Il faut donc que vous expliquiez pourquoi les autres descendants de cet ancêtre n'ont plus le gène que vous étudiez.
il existe une hypothèse alternative que vous devez essayer de discuter.

Céline Brochier

bonsoir,
merci pour les réponses précédente.


j'ai une autre question a propos du choix du groupe d'étude , dans la taxonomy report je trouve:

b proteobacterie sont majoritaire score: de 650 a 392
g proteobacterie score 525 a 392
a proteobacterie score 390 a 324
Bacteria score  560
firmicute score 432 a 320
GNS bacteria  score 398 a 321
CFB group bacteria score 384 a 321
Hight GC GRAM + score 330 a 329
froags et toads score 529
ascomycetes score 357 a 320

j'ai des bactéries et des eucaryotes , je comprends qu'il faut les réunir tous les deux dans le groupe d'étude ,mais dans se cas la ,l'enracinement n'est plus utile ?  

Bonjour,

L'enracinement n'est pas possible car vous n'avez pas de groupe extérieur.

Emese Meglecz