Bonjour
je voudrais vous poser une question au sujet de l' option à choisir(protéine ou DNA) quand on fait l'alignement multiple sur le cluctalw d'EBI. Nous avons obtenu 1 seul homologue avec blastp contre nr, aussi avons-nous décidé de faire un tblastn contre env_nt; et avons obtenu des séquences homologues nucléiques. Le problème c'est que clustalw signale erreur si on fait aligner notre ORF traduit, notre seul homologue trouvé contre nr, et les séquences nucléiques homologues trouvées avec tblastncontre env_nt. comment faire dans ce cas, pour faire l'alignement multiple?

J'ai oublié de signer. Le message précédent était de reneejenni.
Bonne journée et merci.

Bonjour,

Vous avez sauté un étape. Si vous n’avez pas d’homologue (ou très peu) dans la banque nr protéique, vous pouvez faire un BLASTp contre la banque environnementale protéique. Vous devez faire le tBLASTn contre la banque environnementale nucléique seulement, si vous ne trouvez pas des homologues dans la banque protéique environnementale.

Si vous êtes emmené à faire un tBLASTn, comme vous cherchez dans une banque nucléique, vous pouvez télécharger seulement  les séquences nucléiques et en effet, vous ne pouvez pas alignez les séquences nucléiques avec les séquences protéiques (la traduction de votre ORF) par ClustalW. Pour obtenir les traductions des séquences nucléiques dans la cadre qui vous intéresse, vous pouvez éditer les alignements 2 à 2, en gardant des lignes ‘Sbjt’ et en éliminant des gaps introduit par le BLAST.

Emese Meglecz

ok
merci beaucoup.
Reneejenni