bonsoir
je trouve pas d'homologue avec un blastn sur toute les banque sauf la sample-env ou je trouve une seul et unique sequence homologue ,mais y a aucune description sur la sequence protéique de cette sequence homologue. .
la base de donnée sample-env stock des sequences ou ya pas de description de proteines? dans ce cas je dis elle est codant ou non codante?

Bonjour,

Vous avez trouvé un homologue et votre ORF putatif est plus long que 300 bp. Pensez-vous qu'il est probable que votre ORF soit un faux positif?

Par ailleurs, êtes-vous certain d'avoir choisi le bon type de BLAST? Au TD nous avons discuté quel type de BLAST est le plus judicieux et pourquoi.

Emese Meglecz

il fait 953 base sachant que j'ai pris le plus grand fragment en utilisant tous les codons start .j'ai refait un BLASTP resulat: il ya 4 sequence homologue faible en terme de similarité  , avec ces sequences on peut construire un arbre phylogénétique?
merci
omarissem

ahh c'est bon c'est réglé merci

Bonsoir, nous sommes le binôme avec la séquence GOS_2044010.51 qui n'a aucun domaine protéique avec Interpro. Aucun résultat n'a été obtenu avec Pfam. Par la suite,on a tenté un blastp avec les banques environnementales. Nous avons trouvé 4 séquences , nous sommes bloquées,  que doit-on faire ???? Merci.

Bigbioch

Bonsoir, nous sommes le binôme avec la séquence GOS_2044010.51 qui n\'a aucun domaine protéique avec Interpro. Aucun résultat n\'a été obtenu avec Pfam. Par la suite,on a tenté un blastp avec les banques environnementales. Nous avons trouvé 4 séquences , nous sommes bloquées,  que doit-on faire ???? Merci.\r\n\r\nBigbioch\r\n

Bonsoir, nous sommes le binôme avec la séquence GOS_2044010.51 qui n'a aucun domaine protéique avec Interpro. Aucun résultat n'a été obtenu avec Pfam. Par la suite,on a tenté un blastp avec les banques environnementales. Nous avons trouvé 4 séquences , nous sommes bloquées,  que doit-on faire ???? Merci.
Bigbioch

Bonsoir, nous sommes le binôme avec la séquence GOS_2044010.51 qui n'a aucun domaine protéique avec Interpro. Aucun résultat n'a été obtenu avec Pfam. Par la suite,on a tenté un blastp avec les banques environnementales. Nous avons trouvé 4 séquences , nous sommes bloquées,  que doit-on faire ???? Merci
Bigbioch

Bonjour,

Si vous ne voyez pas d'autres pistes. Essayez de réfléchir et d'interpréter vos données.

Céline Brochier