si on trouve pas de domaines protéiques, est ce qu'on peut conclure que l'ORF n'est pas codant?

Un ORF "sans domaines protéiques" ne veut dire que (et rien d'autre que):

on ne détecte dans cet ORF aucun domaine protéique connu!

Cet ORF peut très bien être une protéine fonctionnelle, avec plusieurs domaines caractéristiques, seulement nos logiciels sont encore capables de les rater, ou encore ces domaines sont nouveaux et donc non reconnus...

Un fragment d'ADN (et pas un ORF qui par définition même est codant) sera classé "non-codant" essentiellement quand aucun ORF de longueur acceptable n'est présent.
Quelle est cette longueur acceptable? Personne ne le sait, certains polypeptides très courts peuvent très bien être physiologiquement importants. Souvent, par simplicité, en dessous de 100 acides aminés et sans aucunes homologies connues, on considère que ce ne sont pas des ORFs.
Par contre, un ORF long, par exemple 300 acides aminés, même sans aucun domaine et sans aucun homologue sera considéré très probablement véritable, donc l'ADN sous jascent classé codant!