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Plusieurs domaines trouvés |
BrothTeam
8 Feb 2011 12:37
Non evaluated contribution |
Bonjour,
Sur mon résultat d\'interproscan, j\'ai 3 principaux domaines qui ressortent, le problème c\'est qu\'ils sont situés sur la même séquence (le orange, le premier vert et le violet).
Seul le orange possède un numéro d\'accession, dois-je me focaliser uniquement sur ce domaine sans mentionner les autres sur l\'annotathon ?
Comment choisir parmi les 3 celui qui serait le plus plausible ?
Merci d\'avance
[img]http://nsa26.casimages.com/img/2011/02/08/110208123146695689.jpg[/img] |
B_Wirth_11
10 Feb 2011 22:07
Game master |
Bonsoir,
Vous n'avez aucun domaine conservé répertorié dans InterPro (cf : noIPR, unintegrated).
N'utilisez les informations "noIPR", que si vous n'avez aucun autre domaine conservé détecté (c'est votre cas).
En vert (3eme ligne), se sont les domaines transmembranaires (riches en aa hydrophobes), détectés par la méthode "tmhmm".
En rose, il s'agit de la détection d'un signal peptide.
=> Ces régions conservées ne vous renseignent pas sur la fonction de la protéine, mais sur sa localisation cellulaire.
PS51257, est une séquence signature d'une famille de protéines (sous la forme d'une matrice), répertoriée dans la banque ProSite.
Allez voir cette fiche ProSite PS51257, ainsi que le lien "Prosite documentation" correspondant (dans la fiche PS51257) pour en apprendre plus sur cette séquence détectée dans votre protéine.
Bon travail,
Bénédicte Wirth
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omarissem
13 Feb 2011 20:57
Non evaluated contribution |
bonsoir,
les domaines vert et rose on devrai pas les rentré dans la rubrique de domaine ??
merci |
C_Brochier_11
13 Feb 2011 21:17
Game master |
Bonsoir,
Les règles du jeu sont claires et je l'ai expliqué en TD. Seuls les domaines fonctionnels conservés doivent être indiqués sur la vue graphique de l'annotathon.
Les domaines structuraux (domaines transmembranaires et peptide signal) ne sont pas à considérer pour ce graphique. Par contre vous pouvez utiliser l'information qu'ils vous apportent pour votre discussion.
Céline Brochier
PS Je vous rappelle de signer vos messages |
BrothTeam
14 Feb 2011 11:27
Non evaluated contribution |
ok, merci pour la réponse, en me renseignant sur le domaine orange, j'ai appris que c'était également un domaine structural et non fonctionnel, j'ai donc laisser les cases de domaines vides.
Rémi |