Bonjour,

Suite à notre première annotation, nous avons eu cette remarque : "Une autre précision pour vous faire aller plus loin, mais qui ne change rien à votre groupe d'étude: vous avez ici un bel exemple qui vous montre que le seuil de 1e-10 n'est qu'une approximation et n'est pas quelque chose de figé: regardez les hits qui ont une e-value supérieure, vous voyez qu'ils sont toujours annotés "argininosuccinate lyase", et que ce sont donc eux aussi des homologues ... "

Or, en vérifiant à la fois avec un blastp contre swissprot et contre nr en générant 1000 alignements notre dernière séquence annotée "argininosuccinate lyase" a une e-value de 1E-17, la majorité des séquences suivantes sont annotées Adenylosuccinate lyase ou Fumarate hydratase.
Comment doit on comprendre cette remarque ?

Cependant, il est vrai que jusqu'à 1E-4, nous observons de bons taux d'identité (30%) et de similarité (50%) et l'alignement sur la globalité de notre séquence. Mais il reste donc préférable de travailler avec un seuil de 1E-10 pour éviter les faux positifs.

Effectivement, j'avais lu un peu rapidement les annotations des homologues.
Ceci étant dit, justement, si vous voyez que les annotations restent identiques seulement jusqu'à 1e-17, dans ce cas, choisissez ce seuil.
Cette remarque était là simplement pour vous montrer que 1e-10 est un seuil un peu arbitraire et qu'il ne faut pas seulement tenir compte de cela.

Bonne annotation!