Bonjour,
nous avons construits deux arbres à l'aide de deux méthodes PhyML et BioNJ. Nos groupes extérieur et d'étude sont bien séparés en deux sous arbres mais les relations entre les séquences pour chacun des sous arbres différents selon la méthode utilisée. Nous ne savons pas très bien comment interpréter ce résultat ? Est ce qu'il s'agit de transferts horizontaux ?
Merci

Ce phénomène peut s'observer lorsqu'il y a peu de signal phylogénétique dans votre alignement, c'est à dire peu de signal permettant de déterminer quelle séquence est plus proche de qui.
Quand ce signal est faible, les différentes méthodes de reconstruction ne l'interprètent pas forcément de la même façon. C'est pour ça qu'il est intéressant d'utiliser plusieurs méthodes afin de vérifier la robustesse de votre arbre (ou d'une région particulière de l'arbre).
A l'inverse, s'il existe dans vos séquences beaucoup de signal qui rapproche deux séquences particulières, alors ce signal devrait toujours être interprété de la même façon par toutes les méthodes de reconstruction.
Dans votre cas, ça n'est pas étonnant d'observer quelques différences entre vos arbres étant donné que dans votre alignement multiple on voit qu'il existe très peu de régions conservées (et qui ont donc été gardées par Gblocks pour la reconstruction de l'arbre). Si l'arbre est reconstruit avec peu de positions, il peut y avoir trop peu de signal pour résoudre les relations au sein de certaines parties de l'arbre. Par conséquent, vous ne pouvez avoir confiance que dans les noeuds qui sont retrouvés à l'identique dans vos deux arbres.

Bonne annotation et bon courage!

Laura

Bonjour,
Nous avons fait deux arbre, l'un avec bioNJ, l'autre avec Phyml: dans les deux cas notre ORF sort dans le même groupe, qui est notre groupe d'étude. On est donc certaine du résultats. Le problème , c'est le branchement de nos groupes taxonomique autour ne notre groupe d'étude:

Nous travaillons avec les alphaprotéobactérie,nous avons eu la suprise (Phyml) de voir les deltaprotéo et gamma protéo branchées directement entre elles, le groupe des béta est en plein milieux du groupe des alpha.... avec bioNJ les gamma et les delta sont aussi branchée ensemble, les béta partagent un ancetre commun direct avec les alpha, mais sont bien séparées.

Notre soucis: avec les deux méthodes, la taxonomie rapportée par les arbres ne correspond pas à celle qui est connue, et pourtant elle semble robuste. Que peut-on en penser?
Notre hypothése? on pense des transferts horizontaux entre les delta et les gamma.

Merci d'avance:
Valérie et Delphine

Bonjour,
Sachez que pour votre arbre, vous ne prenez que quelques sequences de gamma et delta, et que les sequences choisis ne sont pas representatives de l'ensemble des gamma ou de l'ensemble des proteo. Ce qui va etre important ici dans votre cas, c'est la position taxonomique du groupe ou le comportement du groupe (ici le groupe d'etude ou groupe exterieur), et pas celui des sous-groupes issus des groupes etudes et exterieur.. Il  a  dans votre cas une evolution convergente du groupe ext, mais pas entre les membres de ce groupe, ce qui se traduit peut-etre par des transferts au sein de votre groupe exterieur. mais une fois de plus, vous avez tellement peut de sequences pour affirmer cela...

ET
Comment savez-vous que votre arbre est robuste????