Bonjour.
Nous avons une question par rapport à l'arbre.
Contexte: Nous avons une séquence qui selon le rapport taxonomique est un homologue de phages et de différentes bactéries. Nous avons posé la question au professeur: comment faire notre groupe d'étude et notre groupe exterieur? Il nous a répondu de faire un échantillonnage de plusieurs phages et de plusieurs bactéries. C'est ce que nous avons fait et voici notre arbre (cf arbre phylogénétique). Nous ne savons pas comment l'interpréter car on voit émerger notre séquence entre des phages mais est ce réellement un phage ou une bactérie infectée par un phage et si c'est le cas comment le savoir? Doit on refaire deux arbres l'un avec que des phages et l'autre avec que des bactéries? Cordialement merci d'avance

Bonjour,

De façon générale, si vous avez un arbre où les séquences provenant de différents groupes sont mélangées, vous ne pouvez pas conclure sur l'origine de votre ORF.
Refaire un arbre avec uniquement des phages ou uniquement des bactéries n'aurait pas de sens: si vous ne mettez que des bactéries et votre ORF, quelle sera votre conclusion? que celui-ci provient d'une bactérie? et inversement, si vous ne mettez que des virus, vous conclurez que c'est une séquence de virus?
Votre sélection était correcte, mais à la vue de votre arbre vous ne pouvez simplement pas conclure.

Bonne annotation!

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