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détermination du score seuil |
jenmag
2 May 2010 11:43
Contribution non évaluée |
Bonjour,
suite à un blastp contre NR,j\'obtient une réelle cassure au niveau des E.values,mais quand je regarde le pourcentage d\'identité,il reste assez faible,et les GAPS assez élevés,dois je me baser uniquement sur la cassure au niveau des E.values?
Merci d\'avance pour votre aide. |
c_petitjean_10
2 May 2010 19:01
Maître de jeu |
Bonjour,
Pas du tout!
Au contraire, pour déterminer la différence entre les homologues et les non homologues, vous devez analyser tout les paramètres de vos résultats, non seulement les e Values, mais aussi les pourcentages de recouvrement, de gap... ainsi que la qualité des alignements deux à deux, la tailles des séquences obtenues par rapport à la votre, les positions d'alignements...
Vous ne devez pas chercher une "cassure" dans les résultats, mais plutôt analyser l'ensemble de vos résultats et trouvez la différence entre ce qui vous semble être des faux positifs, donc obtenue par hasard, ou des résultats obtenus parce que ce sont des homologues.
Je vous invite aussi à faire le tour du forum, où de nombreuses questions sur le sujet ont déjà été posées!
Bonne annotation.
C. Petitjean |
jenmag
2 May 2010 21:55
Contribution non évaluée |
Même mon meilleur score a un pourcentage d'identité de seulement 30%.est-ce que je peux vraiment le considérer comme homologue?
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c_petitjean_10
2 May 2010 22:58
Maître de jeu |
Bonsoir,
L'homologie n'est pas un critère lié à un nombre, les 30% d'identité peuvent être un bon critère pour définir ou non l'homologie, mais il est dépendant de la taille des séquences, et il ne reflète pas le lien de parenté sans ambiguïté.
Vous pouvez l'utilisez pour prendre une décision mais vous ne devez pas vous fiez qu'à ça.
Et oui, deux séquences ayant 30 % d'identité ou moins peuvent être homologues.
N’hésitez pas à tester vos hypothèses, en allant plus loin dans l’analyse, par exemple la comparaison de différents alignements multiples pourra peut être vous aider…
Bonne annotation.
C. Petitjean |
jenmag
4 May 2010 9:17
Contribution non évaluée |
Bonjour,après avoir fait mon blastp contre swissprot je n'obtiens absolument pas les mêmes résultats,même si swissprot est une plus petite banque et que les fiches d'annotation y sont incomplètes,n'aurais je pas dû trouver un résultat qui confirme plus ou moins ceux trouvés contre NR? |
c_petitjean_10
5 May 2010 22:13
Maître de jeu |
Bonjour,
Swiss prot est une banque annotée manuellement, les fiches sont donc normalement, beaucoup plus complètes que la plupart que celles de NCBI.
Si vous ne trouvez pas les mêmes résultats, il est possible que tous les premiers hits que vous trouvez ne soient pas référencés dans swiss prot.
Donc ce n'est pas forcement choquant.
Bonne annotation.
C. Petitjean
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