quand je fais mon arbre avec comme groupe intérieur protéobactérie, groupe extérieur bactérie (cyanobactérie et firmicute), je racine mon arbre au niveau des firmicute et des cyanobactéries et on observe un bloque cyanobactérie ,et au lieu d'avoir un bloque firmicute et un bloque protéobactérie les firmicute se place dans le groupe des protéobactéries.Ma séquence se trouve dans l'un des deux petits bloques des protéobactéries.
que doi-je faire ???
qu'es que ca veux dire ???
puis-je conclure que ma séquence fait parti des protéobactéries quand même car elle se place quand meme chez les protéobactéries.
Es ce que je dois m'arréter en disant que ma séquence est une bactérie???

et le G-BLOCK donne 14% des positions conservé donc mon choisi de séquence semble de bonne qualité

et le G-BLOCK donne 14% des positions conservé donc mon choisi de séquence semble de bonne qualité

Bonjour,

Tout d'abord, le résultat de Gblocks n'est pas une garantie du bon choix de vos séquences.
En l'occurrence, si vos séquences ne se placent pas comme vous l'attendez, (en congruence avec la phylogénie de référence) ça peut être du à plusieurs causes (biologiques,  méthodologiques…) et c'est justement ce qu'on vous demande d'analyser.
En ce qui concerne l'origine taxonomique de votre séquence, vous devez faire attention, si comme vous me dites, vous trouvez des firmicutes dans votre groupe de protéobactéries, comment pouvez-vous être sur que votre séquence provient d'une protéobactérie?
C’est peut être le cas, mais dans ce cas, vous devez expliquer correctement la topologie de votre arbre et justifier votre décision.

Bonne annotation.
C. Petitjean