Bonjour,

voila mon problème, je fais un BLAST P contre nr avec environ 1000 séquences homologues je définit mon score seuil a environ 80. mon lineage repport me donne:
                        - virus: - phage: score allant de 338 (meilleur score) à 53
                                 - virus: score allant de 53 à 35
                        - g-proteobacteria: score allant de 271 à 265 (pas bcp de séquences)
                        - enterobacteria: score allant de 265 à 125 environ (bcp de séquences)
                        - b- proteobacteria: au alentour de 255
                        - firmicute: score allant de 120 à 70
                        - e-proteobacteria: 90 à 60

1) tout d\'abord,un Bactériophage contrôle et intègre le génome de bactérie, est ce que les séquences proposés par NCBI viennent du génome du phage ou de la bactérie qu\'il infecte?

2)Si c\'est le génome du phage est ce que mon groupe d\'étude est les virus (phage) et mon groupe extérieur les bacterie avec g-proteobacterie, enterobacterie, firmicute, e-proteobacteria?

3)Si c\'est le génome de la bacterie infecté par le phage est ce que mon groupe d\'étude est quand même les virus (phage) avec comme groupe exterieur: les bacterie avec g-proteobacterie, enterobacterie, firmicute, b-proteobacteria.
ou bien groupe d\'étude: g-proteobacterie avec comme groupe extérieur: virus (phage), enterobacteria, firmicute, b-proteobacteria.
ou encore groupe d\'étude: bacterie (g-proteobacterie, enterobacterie, firmicute, b-proteobacteria) avec comme groupe exterieur les virus (phage) ou bien tout autre chose ?

Merci d\'avance pour votre réponse.

Bonjour,

Les resultats que vous obtenez sont des séquences.
Ainsi, quelque soit la localisation d'une séquence virale, elle reste une séquence d'origine virale.

Les virus sont porteur d'une information génétique, et sont en relation avec les organismes vivants bactériens archées ou eucaryotes.
Vous pouvez donc utiliser les séquences virale que vous obtenez comme les autres.

Bonne annotation.
C. Petitjean