bonjour , quand je regarde mon raport taxonomique j'ai trois taxons qui sont au dessu de mon score seuil.
les protéobactérie(score max 196) les cyanobactérie(score max 166) et les euarché(score max 98).
pour la construction d'arbre j'ai penser faire en 1 premier temps groupe intérieur bactérie(donc protéo et cyano) groupe extérieur euarché.
et si ma séquence se trouve dans le groupe intérieur je refait mes groupe avec groupe intérieur protéobactérie groupe extérieur cyanobactérie.
Es ce que ca vous semble juste comme réfléxion merci

j'ai oublier que j'ai aussi des firmicutes taxonomi report ne le sépare pas des cyanobactéries mais dans l'arbre du vivant que vous nous fournissez les firmicute sont séparé des cyanobactérie. Donc dois-je les inclures dans les cyanobactéries et les considérer comme un troisième groupe chez les Bactéries dans mon cas ??
merci

j'ai oublier que j'ai aussi des firmicutes taxonomi report ne le sépare pas des cyanobactéries mais dans l'arbre du vivant que vous nous fournissez les firmicute sont séparé des cyanobactérie. Donc dois-je les inclures dans les cyanobactéries et les considérer comme un troisième groupe chez les Bactéries dans mon cas ??
merci

j\'ai oublier que j\'ai aussi des firmicutes taxonomi report ne le sépare pas des cyanobactéries mais dans l\'arbre du vivant que vous nous fournissez les firmicute sont séparé des cyanobactérie. Donc dois-je les inclures dans les cyanobactéries et les considérer comme un troisième groupe chez les Bactéries dans mon cas ?? \r\nmerci

j\\\'ai oublier que j\\\'ai aussi des firmicutes taxonomi report ne le sépare pas des cyanobactéries mais dans l\\\'arbre du vivant que vous nous fournissez les firmicute sont séparé des cyanobactérie. Donc dois-je les inclures dans les cyanobactéries et les considérer comme un troisième groupe chez les Bactéries dans mon cas ?? \\r\\nmerci

Bonjour,

Avant tout, je voudrais rectifier quelques formulations/mots de vocabulaire.

euarché? aucun groupe taxonomique ne s'appelle comme ça. Vous avez peut être des euryarchaea (un sous groupe d'archaea) ou des Archaea. Soyez rigoureux.

Groupe intérieur: Vous devez parler de groupe d'étude. L'analyse des resultats de blast vous permet de définir une hypothèse sur le groupe taxonomique auquel appartient l'organisme dont est issu votre séquence, c'est votre groupe d'étude. Le groupe extérieur doit être le groupe taxonomique supérieur sauf votre groupe d'étude.

Pour en revenir à votre question, votre raisonnement est juste dans l'ensemble, mais je pense que les imprécisions de vocabulaire sont problématiques, surtout en ce qui concerne le point sur les firmicutes/cyano...

Je vous propose donc de re-réfléchir avec ce que je vous indique, et je pense que les choses seront plus claires.


Bonne annotation.

C. Petitjean

bonjour
Je travail sur ma séquence mon blast me donne 5000homologues en consultant le taxonomie report j'ai des  g proteo(score max de 293)  des bactéries(283) des protéo non gama(281) et des eucaryotes (257)ma, question est la suivante qu'elle groupe choisir esce que je peu prendre mes protéo comme groupe d'étude et les bactéries en extérieur (se qui me semble logique vue les score trouver)ou dois je aussi prendre en comptes mes eucaryotes (pas bcp de séquences avec de bon score) aider moi je sais plus quoi faire merci d'avance

Bonjour,

Pour choisir votre groupe d'étude et votre groupe extérieur, vous ne devez pas regarder uniquement le plus haut score de chaque groupe taxonomique, mais surtout la distribution des scores de chaque groupe, et le chevauchement entre les différents groupes de séquences.
Une façon de rendre cette répartition visuelle: tracez un trait, et positionnez le score max et le dernier score visible sur le tax report pour un groupe taxonomique.
Faites ça pour les différentes sous partie du tax report.
Vous pourrez ainsi observer le chevauchement entre vos différents groupes.

Si deux groupes se chevauchent, pensez vous pouvoir en privilégier un par rapport à un autre? N'oubliez pas que le blast trouve des séquences similaires à la votre, et que seule l'analyse phylogénétique vous permettra de définir les relations de patentés.

Je vous propose de faire quelques essais dans ce sens. N'hésitez pas à poser différentes hypothèses sur vos groupes d'études et extérieur et à faire des tests (alignements, arbres...)
Je pense que les choses seront plus claire pour vous, sinon n'hésitez pas à revenir avec vos nouvelles questions.

Bonne annotation.

C. Petitjean

Je me demander dans quel cas peut on ne tenir compte que des résultats de swissprot  pour effectuer son annalyse?
merci

Bonjour,

Je vais commencer ma réponse par quelques questions.

Quelle est la (ou les) différence entre les banques swissprot et NR?
Et donc, qu'est que ce que chacune peut spécifiquement vous apporter?

Par ailleurs, dans le cadre de l'annotathon, que vous demande t-on?
Pour chacune de ces questions, de quelles informations avez-vous besoin pour répondre?

Dans cette optique, où pouvez vous trouver ces informations?
Et en quoi les banques swissprot et NR vous apportent elles des informations intéressantes et pertinentes?


Je n'attends pas une réponse de votre part à toutes ces questions, mais, vous pouvez y réfléchir, essayer d'y répondre, je pense que vous trouverez déjà des réponses.
Et si vous voulez en discuter ou que vous doutez de vos réponses, n'hésitez pas à relancer le sujet.

Bonne réflexion.

C. Petitjean