bonjour,
apres mon blastp vs nr j'ai pu séparer mes homologues de mes non homologues.Tous mes homologues sont des a-proteobacteries je vais donc constituer mon groupe d'etude avec une 20aine de ces sequences. Mon groupe d'etude me pose cependant problemes car leur origine taxonomique sont tres varies: bgd-protebacteries, autres bacteries et eucaryotes.J'avais pour intention dans unpremier de faire les a-proteobacteries contre les bg proteobacteries mais ai je le droit de négliger les autres?

Bonjour,

N'oubliez pas que vous devez comparer ce qui est du même ordre.
Si vos séquences de b et g protéobactéries ont des scores réellement plus élevés que celles des autres groupes (bactériens et eucaryotes) vous pouvez en effet, posez l'hypothèse que votre séquence proviens d'une protéobactérie et que vous voulez déterminer précisément de quel groupe de protéo elle provient.
Une "astuce" pour chacun de vos groupe taxonomique, posez sur une barre, le meilleur et le plus mauvais score. Vous aurez ainsi une représentation visuelle du chevauchement ou non des scores des séquences appartenant au différents groupes. Peut être que cela vous aidera dans votre choix!

Dans tout les cas, n'hésitez pas à faire plusieurs tests, avec différents groupes d'étude et extérieur.

Bon choix.

C. Petitjean