Bonjour

J'ai fait un blast contre nr et pour obtenir le maximum de séquence je dois mettre un "max target sequence" de 20000 pour arriver a de haute e-value.
J'ai du mal a déterminer un seuil, car il n'y a pas de cassure dans les e-value, mais lorsque je regarde mes alignement 2 à 2 j'ai l'impression qu'ils n'y sont pas tous.
Mes e-value vont de e-90 à 10 et dans mes alignement 2 à 2 ma derniere e-value est a e-44.
Est ce normal ? Comment je peux déterminer mon seuil autrement ?

Lorsque je fais un blast contre swiss prot je n\'ai pas ce probleme, mais peut-on établir un seuil a partir de ce blast ?  je pense que les valeur doivent etre différentes car on a 2 banques différentes.

Je vous invite à parcourir un peu le forum, une question quasi identique a été postée et a obtenue une réponse.

Bonne recherche!

Bonjour,

Pour la question du max_target sequences, je vous renvoie à la réponse qui vient juste d'être postée sur le forum.

Pour ce qui est des e-values, vous avez une différence entre celles indiquées dans la partie description du blast et les alignements 2:2.
Ceci indique que vous avez moins d'alignements 2:2 que de descriptions. Pour voir l'intégralité des alignements, vous devez changez les paramètres d'affichage (cf cours) ou
cliquez sur le bouton gris situé en haut de la page de résultat du blast (format).

Par rapport à votre question de faire la sélection des homologues pour l'analyse phylogénétique sur le blastp contre swissprot. La réponse est non car la banque swissprot est très incomplète comparativement à nr.

Bonne continuation

Céline Brochier

merci pour vos réponses