Bonjour,

je vous contacte à nouveau à propos des arbres phylogénétiques obtenus car j'ai un doute à propos de l'interprétation que j'en fait et je voudrai clarifier les choses.

- dans PhyML j'ai pris comme séquences les plus proches de ma séquence origine Spirosoma_linguale (car elle se situe sur la même branche que me séquence), Capnocytophaga ochracea et Rhodothermus marinus car se sont les séquences que l'on trouve directement après (lorsqu'on se déplace vers le bas sur la même branche mère). Mon raisonnement est il juste ? Ou doit on employé une autre méthode pour trouver les séquences les plus proches données par l'arbre ?

- dans bioNJ, ma séquence origine est seule sur une branche. Suivant le même raisonnement que précédment, j'en déduirais que les deux séquences les plus proches de ma séquence origine dans cet arbre sont Pseudomonas sp et Stenotrophomonas maltophilia. Est ce juste ? Si non pourriez m'expliquer le chemin à suivre ?

Cordialement,
Melle Amélie Brun

Bonjour,

La construction d'un arbre phylogénétique, c'est la définition d'ancêtres communs possibles à vos différentes séquences.

Chaque nœud représente donc un ancêtre commun à toutes les branches qui partent de ce nœud. Deux branches ( ou deux groupes de séquences) reliées par un nœuds sont donc des branches sœurs.
Dans votre arbre calculé par PhyML, la séquence la plus apparentée à la votre est donc bien la séquence de Spirosoma.
Ensuite, le groupe de séquences les plus apparentées sont l'ensemble des séquences reliées par le noeud suivant.
Vous devez lire votre arbre en passant par les noeuds.

Sachez bien qu'entre l'arbre

-----------C
     ------A
-----
     ------B


et l'arbre :

--------C
     ---B
-----
     ---A
Il n'y a aucune différence, "C" est aussi proche de "A" que de "B", et "A" et "B" sont plus proches entre eux que de C.
(En d'autre termes, A et B sont frères, C est leur cousin, C n'est pas plus cousin avec A qu'avec B...)


Vous pouvez d'ailleurs retourner les branches de vos arbres dans l'étape de visualisation de vos arbres dans phylogeny.fr.



Je vous laisse réanalyser vos arbres avec ces indications, n'hésitez pas à reposer une question si besoin.
Par contre, si vous continuer une discussion sur ce problème, pouvez vous rester dans le même sous forum svp? (pour une facilité de lecture) Merci.


Bonne annotation.

C. Petitjean

Bonjour,
je pense avoir compris ce que vous m'avez indiqué.

Ainsi, dans BioNJ ma séquence est alors le plus prochement apparenté avec toute la partie inférieur de l'arbre, soit Pseudomonas, Stenotrophomonas, les 4 Xanthomonas et solibacter.

Mais dans ce cas, mes deux arbres apportent des conclusions opposées. Car dans l'étude avec PhyML, ces séquences que je viens de citer étaient celles qui étaient les plus éloignées de mon ORF putatif. Puis-je expliquer cela par les divergences des méthodes utlisées ?

Merci d'avance
A. Brun

Bonjour,

Vous avez bien compris,
Par contre, n'oubliez pas que vous pouvez raciner vos arbres dans n'importe quelle branche, vous devez donc faire très attention à la façon dont vous lisez vos arbres selon la racine que vous avez mise.

Donc je ne suis pas du tout d'accord avec votre conclusion.

Par ailleurs, petit point de vocabulaire, les méthodes de reconstructions ne sont pas "divergentes", elles sont simplement "différentes".

Bonne lecture d'arbre!

C. Petitjean

J'ai une séquence avec 20 séquences similaires contre la banque nr > et beaucoup plus sur la banque envronnementale. Sur la banque nr je > trouve sur une vingtaine de résultats les premières avec les > meilleures e-value font toutes parties des gamma protéobactéries. > Les séqeunces suivantes une e-value moins bonne et elle > appartiennent au delta et béta protéobactérie. Contre la banque > environnementale je ne trouve que des métagénomes marins. Dois je > faire un arbre en mélangeant les deux banques ou dois-je me > contenter du résultat contre nr?>> Merci de votre aide déjà beaucoup solicitée>> MERCI

Bonjour,

Une analyse phylogénétique a pour but de comprendre l'histoire évolutive de votre protéine.

Les séquences que vous trouvez en faisant un blastp sur la NR et sur la banque environnementales sont des séquences de même nature : protéique.
Si vous considérez qu'elles sont homologues, pourquoi vous privez d'une partie des résultats que vous obtenez?

Bonne annotation.

C. Petitjean