Bonjour.
Suite à votre réponse j'ai effectué mon arbre avec seulement mon groupe d'étude (= bactéries) (puisque je n'avais pas de séquences appartenant à mon groupe extérieur (= archa plus eucaryote) avec un score supérieur à mon score seuil (= à 80.5)). J'avais choisi en tout 18 séquences homologues pour mon groupe d'étude: des protéobactéries (g,b,a,d), des CFB bacteries et une cyanobactérie. Je me retrouve avec deux arbres (PhyML et BioNJ) ou ma séquence se trouve située au niveau des protéobactéries, et plus précisément elle est encadrées par TOUTES les g protéobactéries.
Il y a bien une séparation au niveau de mes arbres entre protéobactéries et CFB bactéries par contre la cyanobactérie se retrouve au niveau des protéobactéries et je ne peux pas faire mieux au niveau du racinement de mon arbre.
Puis-je donc considérer que ma séquence fais partie des g protéobadtéries (malgré la présence de la cyano dans les protéo)? Si oui, est ce que mon groupe extérieur correspond aux a protéobactéries?
Merci beaucoup.

Bonsoir,

Votre description et l'analyse de vos arbres semble tenir la route. Si votre séquence de Cyanobactérie n'émerge pas à proximité de votre séquence, alors l'hypothèse qu'il s'agit d'une gamma-protéobactérie se défend. Par contre si elle émerge a proximité de votre séquence un doute subsistera.
Une question, pourquoi avoir choisi si peu de séquences bactériennes autres que les protéobactéries ?

Bonne continuation,

Céline Brochier