Forum "Analyse phylogénétique"

Sujet de discussion: determination orthologues paralogues (bis)

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determination orthologues paralogues (bis)
aurore
11 Apr 2007 13:31
Contribution non évaluée
bonjour,
nous avons à nouveau une question à propos de notre arbre.
Nous n'arrivons toujours pas à analyser la situation:
- d'un côté de notre noeud nous avons des a-protéobacteries + des enterobacteries
et de l'autre nous avons à la fois des g-protéobactéries et des a-protéobacteries.
Etant donné qu'il n y a pas mélange des deux espèces de part et d'autre de notre noeud,
nous n'avons pas conclu à une duplication pourtant notre correcteur nous a demandé si on
était sûr à ce sujet, alors nous ne savons pas quoi faire.
  
Autre interrogation:
dans notre arbre nous avons des protéobacteries et des eucaryotes.
Nous avons conclu sur le fait
que les eucaryotes présentaient de l'adn mitochondrial.
C'est pourquoi, elles étaient mélangées aux archae et qu'on ne pouvait
donc pas les choisir comme groupe exterieur.
Dans notre arbre, un noeud sépare nos deux séquences eucaryotes des protéobacteries.
Etant donné que nos séquences eucaryotes sont d'origine mitochondriale,
pouvons nous conclure à une duplication au niveau de ce noeud?

Merci d'avance pour votre aide.

Brochier_B07
12 Apr 2007 12:58
Maître de jeu
Bonjour,
Concernant votre première interrogation, je suis tout à fait d'accord avec votre correcteur. Voir le message posté pour le binome giraudaguerre.
De plus, les enterobactéries sont un groupe taxonomique de très petite échelle. Il faut mieux préciser un groupe plus général (regardez les fiches).
Concernant votre seconde interrogation,
"dans notre arbre nous avons des protéobacteries et des eucaryotes. Nous avons conclu sur le fait que les eucaryotes présentaient de l'adn mitochondrial. " <= Je ne vois absolument pas le rapprot de cause à effet. Si les séquences étaient mitochondriales, elles émergeraient avec les bactéries pas les archébactéries.
Je ne comprends pas non plus le rapport avec un événement de duplication. Expliquez un peu mieux votre démarche logique, sinon je ne peux pas vous répondre efficacement.
Cordialement,
Céline Brochier