Bonjour,
Nous avons 5 sequences homologues après avoir effectué un blastp contre nr.
Lorsqu'on fait un tblastn et que l'on trouve ds séquences homologues non annotées comme protéines, peut on les inclure dans notre groupe d'étude si celles ci ont un score inférieur au seuil determiné avec le blastp contre nr ou doit-on abaisser le score seuil ?

Bonsoir,

Le e-values sont dépendantes de la banque dans laquelle vous avez effectué votre recherche et des paramètres choisis pour lancer le blast. Elles ne sont pas comparables d'une recherche à l'autre.
Vous devez donc déterminer un score seuil pour cette recherche, de manière indépendante à celui que vous aurez choisi pour le blastp contre nr ou le blastp contre swissprot.

Bonne continuation

Céline Brochier

Après un t blast n nous n'obtenons aucun homologue que dois t on en conclure
Après un blast x de même aucun homologue n'est détecté que doit on en conclure

Après un t blast n nous n\'obtenons aucun homologue que dois t on en conclure \r\nAprès un blast x de même aucun homologue n\'est détecté que doit on en conclure \r\n

Bonjour,

Que pouvez vous en conclure?

Ou: Quelles sont les raisons possibles pour lesquelles vous pourriez n'avoir aucun homologues avec les programmes choisis sur les banques choisies?

Je vous propose de commencer par essayer de répondre à ces questions.

C. Petitjean