Bonjour,

Nous avons réalisé un BLASTp contre nr afin de trouver des homologues à notre séquence. Nous obtenons 17 homologues dont 5 vrais positifs ( e-11 < e-value < e-19 ). Les autres ont une e-value de 0.34 à 9.4.

Serait-il pertinent de faire une analyse phylogénétique ayant si peu d'homologues ?

Bonjour,

Tout d'abord, attention à la différence entre séquences similaires et séquences homologues.
Si vous avez des faux positifs, ce ne sont pas des homologues par définition.
Et on vous demande justement de faire la différence entre les homologues et les non homologues.

Si je comprend votre question, vous avez donc 5 homologues.
C'est en effet assez peu, mais vous pouvez néanmoins les utiliser.

D'autre part, il serait pertinent que vous fassiez un tblastn pour voir si vous obtenez des séquences non annotées comme protéines mais qui pourraient être homologues.

D'autre part, un blastp contre la banque environnementale (environmental_sample dans la case de choix des banques dans la page de blast) vous permettrai peut être de trouver des séquences environnementales, telles que la votre.
Bien que les annotations de ces séquences soient assez réduites, si vous trouvez des homologues vous pourrez néanmoins les utiliser.


Si vous ne trouvez toujours rien, n'hésitez pas à faire un blastx (blast de votre séquence nucléique complète, retraduite sur les 6 cadres de lectures, contre une banque protéique) pour savoir si un autre ORF de votre séquence aurait pu être plus pertinent à analyser.
(Attention, même dans ce cas, vous devez continuer l'analyse de l'ORF le plus long)



Bonne annotation et n'hésitez pas à redemander des éclaircissements.

C. Petitjean

Bonsoir,

Si suite à toutes les recherches vous ne trouvez pas d'homologues provenant d'organismes identifiés (cad hors blast contre les banques environnementales), vous pouvez néanmoins faire l'analyse phylogénétique. En effet, une analyse phylogénétique devient pertinente à partir de 4 séquences. Donc si vous en avez 5 c'est bon.

Par ailleurs, n'hésitez pas à essayer de discuter quelles sont les hypothèses pouvant expliquer la présence d'aussi peu d'homologues provenant d'organismes identifiés.

Cordialement

Céline Brochier