bonjour,
Dans notre arbre phylogénique, nous avons des difficultés à différencier les duplications
des spéciations pour certains noeuds.
En effet, si de part et d'autre d'un noeud, nous avons des g-protéobacteries pouvons-nous
conclure à une duplication?
autre question, si notre séquence est séparée d'autres séquences par une duplication, pouvons-nous dire
que ces séquences sont paralogues à notre séquence X même si l'évènement de duplication
est suivi de plusieurs spéciations?
Merci d'avance pour votre réponse.

Bonjour,
Pour répondre à votre question 'si de part et d'autre d'un noeud, nous avons des g-protéobacteries pouvons-nous
conclure à une duplication'. Il faut regarder quelles lignées de gamma-protéobactéries vous avez de part et d'autre de votre noeud (voir le poly du cours).
Par exemple si vous avez de part et d'autre du noeud enterobactéries + alteromonadales, alors vous pouvez conclure à une duplication. Si par contre d'un côté du noeud vous avez des enterobactéries et de l'autre des altéromonadales, alors le noeud représente la spéciation entre ces deux lignées.
Pour répondre à votre deuxième question 'si notre séquence est séparée d'autres séquences par une duplication, pouvons-nous dire
que ces séquences sont paralogues à notre séquence X même si l'évènement de duplication '. La réponse est oui, puisque pour distinguer spéciation et duplication vous devez regarder la nature de l'événement s'étant produit au noeud (sans tenir compte des noeuds qui suivent)
Cordialement,
Céline Brochier