Bonjour,

Hier nous vous avons envoyé un message

"Nous avons choisis pour notre séquence les beta et les gamma comme groupe d'étude; et les alpha en extérieur. Mais notre ORF émergent au sein de gamma, séparé des autres séquences du groupe d'étude par les alpha (après avoir augmenté le nombre de béta et d'alpha), nous avons donc élargit notre recherche.
Le groupes d'étude sont les protéobactéries et le groupe extérieur les autres bactéries.
Cependant, les deux groupes sont toujours mélangé et notre BLAST ne nous donne pas d'eucaryotes ou de archaébactéries qui pourraient nous servir de groupe extérieur (si nous voulons considérer, suite à ces résultats, que notre groupe d'études serait les bactéries).
Que devrions nous faire pour déterminer notre groupe taxonomique dans ces conditions?"

Vous nous avez répondu
"Avez vous essayer de prendre comme groupe d\'etude les Proteo et comme groupe exterieur les Autres Bacteries?"

Nous avons effectivement essayé ces groupes, mais les séquences sont toujours mélangé, c'est pour cela que nous pensions que les bactéries sont notre nouveau groupe d'étude, mais on a pas d'archaebactéries ni d' eucaryotes dans notre "lineage report "qui pourraient, dans ce cas, nous servir de groupe extérieur.
Nous ne pouvons pas établir de lignée taxonomique, ou s'agit il d'une erreur de notre part?

Merci.