Nous avons une petite difficulté suite à l'élaboration de notre arbre phylogénétique.
En effet, notre groupe d'étude étant les Bactéries et notre groupe extérieur , les Archae, toutes nos séquences sont mélangées dans l'arbre. Nous ne savons pas trop quoi en déduire.
Est il possible que ce la signifie que nous avons une protéine (glycosyl transferase) conservée chez les 2 groupes? (Bactéries et Archae)

Melangé, c'est bien un grand mot.. En regardant votre second arbre, il me semble qu'il y a en bas, un beau groupe d'archees (avec potentiellement des transferts chez les Firmicutes), et au dessus, un petit groupe d'archees avec une firmicute. Au final, en partant de la racine de votre arbre, il a eu d'abord une premiere emergence d'archees, puis une separation tardive du deuxieme sous groupe d'archees, mais qui peut aussi s'interpreter comme un transfert de bacterie vers les archees.  C'est n'est donc pas aussi melange que cela...  
Bon courage,

ET