Bonjour, je n'arrive pas à me décider sur le choix de mes groupes d'étude et extérieur.
Le rapport taxonomique montre les meilleurs scores pour les a-proteobacteria (338 à 129), suivis de beta et gamma proteobacteria principalement (peu de gamma, delta et epsilon).
Mais on trouve aussi des firmicutes avec des scores chevauchants (de 177 à 124)
ainsi que des archées (de 181 à 122).
Etant donné que les 3 meilleurs hits sont des a-proteobactria (338, 315) et que ces scores sont clairement
supérieurs à ceux des autres bactéries et des archées, je pensais prendre comme groupe d'étude les a-proteobacteria et comme groupe extérieur les autres proteobacteria.
Est-ce un choix correct ? Ou dois-je inclure dans mon groupe d'étude les firmicutes ? les archées ?

Merci,
lbfm

Bonjour,

Tout dépend des scores que vous obtenez pour les autres protéobactéries. Sont ils similaires à ceux des alpha ou à ceux des firmicutes. Dans le premier cas, ils doivent faire partie du groupe d'étude, dans le second cas non.

Cordialement,

Céline Brochier