bonjour, je corrige actuellement ma 2ième séquence. Vous me demandez de faire la relation entre les zones de conservations des alignements multiples et mon domaine. Seulement nous n'en avons pas parlé en TD et je ne sais donc pas comment faire. Dois-je comparer la position(des aa) des zones de conservation avec celle du domaine trouver via interpro ?

Merci à vous.

Bonjour,

C'est exactement ça. Comparer les zones correspondant à vos domaines et celles qui sont conservées dans votre alignement, et voyez si cela coïncide.

Cordialement,

Céline Brochier

J'ai compris merci! je n'est donc pas de problème avec cette séquence mais l'autre séquence qu'il nous reste à analyser nous pause problème! car les zones de conservation ne correspondent pas au domaine trouvé avec interpro, quelles informations doit-on en tirer?
le domaine code pour une intégrase (203-295) et les zones de conservations sont [407  421]  [495  523]  [547  577]  [582  593]  [596  604].

camille Baudesson.

Bonjour,

Faites bien attention que la numérotation des positions dans l'alignement ne correspondent pas exactement à la numérotation des positions des séquences. En effet, l'alignement va inclure des gaps dans les séquences ce qui va induire un décalage dans les numérotations.

Cordialement,

Céline Brochier