lorguais
2 May 2009 0:17
Contribution non évaluée |
Bonsoir,
Après avoir effectué un alignement multiple avec ma séquence, j'obtiens de nombreux domaines conservés. Cependant après avoir fait le "nettoyage" avec GBLOCKS, je n'obtiens plus que 10% de domaines conservés sur tout l'ORF. Je voudrais donc savoir si ce pourcentage est assez important pour effectuer un arbre phylmogénique sachant que cet arbre me permettra seulement de déterminer la répartition et l'abondance de la sequence car je n'ai aucune information dessus.
Cordialement
BERGOGNE magali, ZOUED abdelrahim |
Brochier09
6 May 2009 11:03
Maître de jeu |
Bonjour,
En fonction des paramètres choisis pour G-bloacks vous allez éliminer plus ou moins de positions. Il n'est pas rare que la plupart des positions d'un alignement soit éliminées (d'autant plus si vous avez des séquences partielles, ce qui est le cas et que vous utilisez des paramètres stricts).
Si vous voulez voir si le nombre restreint de positions a une influence négative sur votre reconstruction, refaites la en faisant varier les paramètres de G-blocks et voyez ce que cela change (en bien ou en mal) par rapport aux phylogénies de références que vous avez.
Cordialement,
Célien Brochier |